SeqStudio Genetic Analyzer – ThermoFisher Scientific
SeqStudio Genetic Analyzer – ThermoFisher Scientific
Características do equipamento:
Trata-se de equipamento de pequeno porte compatível tanto com o sequenciamento do tipo Sanger (leituras de até 800 bp) como com a análise de fragmentos. Contém quatro capilares e é compatível com a análise simultânea de uma até 96 amostras por corrida. Na função de sequenciamento Sanger, o equipamento é otimizado para análises como sequenciamento de novo, confirmação de sequenciamento de última geração (NGS), ressequenciamento, detecção de mutação, sequenciamento de DNA mitocondrial, análise de metilação em DNA, identificação de microoganismos, validação de edição genética, entre outras. Já na função de análise de fragmentos, o equipamento é compatível com a análise de microssatélites, comprimento de produtos de PCR, genotipagem de repetições curtas em tandem (STR) e genotipagem de SNP.
Mais informações:
Custo por corrida:
- Pesquisadores do estado de São Paulo – R$ 2.000,00
- Demais pesquisadores – R$ 2.500,00
Sobre o uso do equipamento:
A operação do equipamento será realizada pelo técnico responsável. O usuário deverá fornecer as amostras preparadas bem como os demais reagentes necessários, como indicado pelo técnico. Os resultados serão compartilhados via "nuvem" (e.g., Google Drive). Para outras informações escreva para lmbcm@ufscar.br.
Além dos pesquisadores dos campi da UFSCar, o equipamento também está disponível para usuários externos acadêmicos e não acadêmicos (empresas e indústrias). Para garantir acesso justo para todos, o agendamento do equipamento não deve exceder oito horas consecutivas de uso para um mesmo usuário e deverá ser feito com não menos de uma semana de antecedência do experimento planejado.
O usuário potencial deverá preencher o formulário com os dados sobre as amostras a serem analisadas, o tipo de análise desejada e a sua experiência neste tipo de análise. O formulário online também contém perguntas que visam identificar os usuários quanto a instituição de origem. Adicionalmente, é solicitado aos usuários que façam no formulário de submissão uma descrição breve do projeto de pesquisa em que se insere a demanda de uso do equipamento para justificar seu uso. Essa descrição também será necessária para que o apoio técnico do LMBCM avalie se o equipamento é adequado para a análise pretendida e auxilie o usuário da melhor maneira possível.
O uso do instrumento será cobrado por corrida. Os valores foram definidos pela comissão gestora considerando duas categorias distintas: pesquisadores do estado de São Paulo e demais pesquisadores. Os recursos advindos destes pagamentos são utilizados para a contratação de apoio técnico, aquisição de materiais de consumo, manutenção do equipamento, seus acessórios e da infraestrutura local.
Todos os usuários deverão receber treinamento, oferecido pelos técnicos, previamente à utilização do equipamento. Usuários sem treinamento não serão autorizados a manipular o equipamento, devendo contar com o auxílio de um dos técnicos responsáveis. O treinamento incluirá instruções sobre como preparar as amostras e utilização do equipamento, de modo a garantir melhor performance do instrumento. O tempo de treinamento será determinado em função da complexidade do experimento pretendido e experiência prévia do usuário.
Os dados obtidos com auxílio do equipamento serão disponibilizados pelo técnico responsável via "nuvem" em diretório protegido por senha e criado para esta finalidade específica (e.g., Google Drive), de modo a evitar o uso de dispositivos que possam prejudicar o funcionamento do computador dedicado ao microscópio. Durante o uso do equipamento, os usuários treinados serão orientados a salvarem seus arquivos em pasta específica, sendo os mesmos removidos do equipamento mensalmente ou de acordo com a necessidade de memória para perfeito funcionamento do equipamento.
Espera-se que este plano de gestão e compartilhamento viabilize, com seus recursos materiais, financeiros e humanos disponibilizados pela instituição sede, e pelo uso compartilhado do equipamento, os recursos para a manutenção efetiva e a longo prazo do equipamento em operação. O tempo máximo de inatividade do equipamento previsto é de quatro horas por semana. Este período de downtime é necessário para a limpeza lógica dos arquivos, que pelo seu tamanho elevado podem ocupar excessivamente a memória do computador, tornando a aquisição de dados lenta e prejudicando as análises.
Confira a disponibilidade do equipamento